CocoaPods did not set the base configuration of your project because your project already has a custom config set.

해당 Flutter 프로젝트 iOS 폴더에서 pod install을 했을 경우,

CocoaPods did not set the base configuration of your project 
because your project already has a custom config set...

경고성으로 해당 메시지가 표시되기도 한다.

Flutter 프로젝트/iOS/Flutter/Release.xcconfig 파일 안에 빌드 상황에 대해서 cocoapods나 build의 오류가 설명하는 설정 부분이 없을 때 발생하는 경고성 메시지이다.

해결방법

#include "Pods/Target Support Files/Pods-Runner/Pods-Runner.profile.xcconfig"

해당 코드를 추가하면 경고성 메시지가 사라진다.