3개 엔진중 유일하게 트랜잭션을 지원하여 ACID를 충족한다. 또한 외래키를 지원한다.
데이터가 클러스터링 인덱스(프라이머리 키)기반으로 저장되며 세컨더리 인덱스는 리프노드에 프라이머리키 값을 저장한다.
MVCC 기능을 통해 잠금을 사용하지 않는 일관된 읽기 기능을 제공한다.
row-level lock을 사용하여 multi-user 환경에서 높은 성능을 제공한다.
InnoDB 버퍼풀을 사용하여 디스크의 데이터파일/인덱스를 메모리에 캐시하며, 쓰기버퍼 역할을 수행한다.
Undo 로그를 활용하여 트랜잭션 보장 및 격리 수준을 보장한다.
체인지 버퍼를 사용하여 인덱스에 대한 UPDATE 작업을 버퍼링 하여 성능을 향상 시킨다 (유니크 인덱스 제외)
리두 로그를 통해 자동화된 장애 복구를 지원한다.
MySQL 8.0 버전부터는 모든 데이터가 InnoDB 스토리지 엔진으로 사용될 만큼 모든 상황에서 사용될 수 있다.