디지털 병리 이미지 파일 중 .mrxs file format은 .svs와 달리 파이썬 OpenSlide 라이브러리를 활용하여 얻은 이미지 크기와 메타데이터로 저장된 이미지 크기가 서로 상이하였다.

QuPath에서 확인한 .mrxs의 x,y 좌표를 OpenSlide를 사용하여 시각화를 하면 전혀 다른 이미지가 출력되었다.

QuPath에서 확인한 이미지 크기이다.

파이썬에서 OpenSlide를 통해 얻은 이미지 크기이다.

한 눈에 보아도 차이가 확연히 다른 것을 확인할 수 있었다.
처음에는 이미지가 커진 비율만큼 좌표를 조절 해준다면 이미지가 출력될 줄 알았으나, 이 또한 엉뚱한 이미지가 출력되었다.

해결 방법

해결 방법은 QuPath를 사용하지 않고 .mrxs를 위한 뷰어 툴을 사용하는 것이었다.

CaseViewer 사용

CaseViewer 다운로드
https://www.3dhistech.com/research/software-downloads/

.mrxs은 3DHISTECH 스캐너에서 사용하는 파일 형태라 3DHISTECH에서 사용하는 Viewer를 사용해야했다.
CaseViewer를 설치하여 .mrxs 파일을 열어주면 정상적은 x,y 좌표를 얻을 수 있었다.

CaseViewer는 Mac OS에서는 Local을 지원하지 않기 때문에 Window OS에서 설치해야 한다.

CaseViewer 설치

SlideViwer 2.7을 다운로드 및 압축 해제하여 설치를 진행하면된다.
크게 설정해줄 부분은 없기 때문에 Default 옵션으로 계속 넘겨주면 정상적으로 설치가 완료된다.

설치 후 실행 안되는 문제 발생

CaseViewer 설치 후 아이콘을 클릭하면 로딩하다가 창이 닫기는 문제가 발생하였다.
원격 툴을 사용해서 윈도우PC에 접근했는데 원격 툴을 사용하지 않으면 정상적으로 접속이 됐다.
툴 간의 충돌인 것 같아 보인다..

설치한 CaseViewer를 통해 얻은 좌표를 OpenSlide에 입력하면 정상적으로 원하는 이미지가 얻어졌다.