오늘 하루엔 뭐했니?
그냥 적어봐! LEE렇게!
2020.04.10 LEE'Today_회고록
목차
1. 운영체제와 리눅스의 기초
2. 리눅스 설치
3. 리눅스 둘러보기
4. 터미널에서 리눅스 사용하기
5. 파일과 프로세스
6. 리눅스용 문서편집기
7. 리눅스 각종 서버 프로그램 이해
8. 리눅스 별도 프로그램 설치
9. 다중 터미널 환경 사용하기
10. 로그관리와 반복작업 자동화
8. 리눅스 별도 프로그램 설치
벌써 8차시에 도달하였습니다!
뒷부분으로 넘어가면서 내용이 빈약해지는걸 느끼지만, 리눅스 탐방(?)식의 공부니 자세하게 공부하고 싶으시면 구글링하시는 것 아시죠?!
오늘은 생물정보 분석용 기본 프로그램에 대해서 알아볼거에요!
BLAST, CluistalW, Phylip와 같은 다양한 프로그램이 있습니다!
시작해보겠습니다 :)
8-1. 일반적인 프로그램 설치 방법
- 즉시 실행 가능한 바이너리 형태
- 다운로드하여 압축해제 후 바로 실행, 설치 불필요 - 각 리눅스 배포판에 맞춘 패키지 프로그램(.rpm, .deb 등)
- 각 배포판의 패키지 관리 시스템을 이용하여 설치 - 직접 컴파일하여 설치 할 수 있는 프로그램 소스
- 설치 위치 및 옵션을 지정하여 사용자가 직접 컴파일하여 설치
8-2. 특정 디렉토리에 파일 복사
다음과 같이 /usr/ 디렉토리에 컴파일에 필요한 파일들이 복사가 됩니다.
8-3. 생물정보 프로그램
(1) BLAST
용도
: Basci Local Alignment Search Tool
: 연구에서 가장 많이 쓰이는 분석 프로그램
: BLAST를 이용하여 알고자하는 염기서열과 유사성 높은 유전자 또는 유전자 구간을 검색할 수 있다.
관심있는 핵산(DNA or RNA) 서열, 단백질 서열인 Query Sequence 등 정보를 알고 싶을 때, 서열 데이터베이스에 비교하여 유사한 것들을 찾아주는 알고리즘이 이용된다.
설치방법
1) NCBI에서 바이너리와 소스 두 가지 제공
2) 일반적으로 바이너리를 배포판에 맞춰 바로 실행 가능
3) 리눅스용을 받아 압축 해제하여 설치BLAST 홈페이지에서 받을 때는 FTP를 이용해야한다.
리눅스에서 FTP를 사용하기 위해선?
GUI> 위치 - 홈 - (+)다른 위치 - 서버에 연결("FTP 주소 입력")
CUI> yum으로 ncftp 프로그램 설치, NCBI FTP 사이트 접속
CUI -FTP
#yum search ncftp (검색을 해보아도 BLAST는 ncftp에 없을 것이다.) #yum install ncftp (그래서 FTP를 이용하는 것이다.) 이동 #ncftp ftp.ncbi.nih.gov FTP설치 ncftp> cd blast/executables/blastt/LATEST ncftp> ls ... ncbi ................ .gz ncbi ................ .gz.md5 ... 다운 ncftp> get ncbi-blast-2.7 ....... .gz * FTP주소 ftp://ftp.ncbi.nim.nid.gov/blast/executables/blastt/LATEST
(2) Clustal W
: Alignment를 위한 알고리즘 중 하나로 DNA 서열 혹은 protein 서열의 다중 정렬을 위해 사용한다.
설치방법
1) 원하는 버전의 소스를 다운받아 컴파일하여 설치FTP주소 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/ #ncftp ftp://ftp.ebi.ac.uk ( 접속 ) ncftp/> cd pub/software/clustalw2/2.1 ( 이동 ) ncftp/> ls ... clustal ................. .gz clustal ................. .gz ....... .gz ... 다운(get) ncftp/> get clustalw-2.1.tar.gz 압축풀기 # tar zxvf clustalw-2.1.tar.gz # cd clustalw-2.1 (디렉토리 접속)
Clustal2 프로그램은?
- C++ 소스코드로 되어있음
- 그래서, 컴파일러 프로그램 (GCC, GCC-C++)가 필요함
설치방법
# yum install gcc gcc-c++ # ./confignre (설치환경설정 (자동)) # make (컴파일) # ls src (src 디렉토리조회) ... clustal2 (실행(.exe)파일) ... # cd src # ./clustal2 (실행)
(3) PHYLIP
: the PHYLogeny Inference Package
: DNA나 Protein 서열을 이용한 계층분류 분석 프로그램(30개 이상의 프로그램)들을 모아 놓은 패키지이다.
설치방법
Web사이트에 다운 가능하다.
- get me PHYLIP 클릭
- Linux or Unix ... gzip tar a .... C sourced documentai..클릭
보통은 원격으로 터미널로 다운한다.
하지만 터미널에서는 웹브라우저를 띄우지 못한다.
그래서 URL만 복사하여 직접 다운로드 받을 수 있는 Wget을 사용한다.Wget
# wget [URL] # tar zxvf phylip-3.697.tar.gz # cd phylip-3.697 # lw doc exe phylip.html src ...... (여기서 홈페이지 설명대로, Makefile.unx를 Makefile로 변경하고, make install 하라고 한다.) # cd src # cp Makefile.unx Makefile (복사) # make install # cd ../exe : 상대경로 # ls ... dnaprs dnapeny ...이후에는 해왔던 것처럼 다운로드 하면 된다!
8-4. 바쁜 당신을 위한 요약정리!
Summary
- 리눅스에서 프로그램을 설치하는 다양한 방법이 있다.
- 직접 소스코드를 구해 컴파일, "패키지 관리 시스템"을 이용
- 프로그램 설치는 특정 파일들을 특정 디렉토리 경로에 복사
(자동 or 수동 수행가능)
- BLAST, ClustalW, Phylip 프로그램을 설치할 수 있다.
CnetOS, yum에는 해당 패키지가 없어 직접 다운 받아 컴파일 및 복사하여 사용.
8차시 Linux 회고록이 끝났습니다!
감사합니다.
기억보단 기록하자! LEE'Today로!
