1. Aperio 스캐너

일반적으로, Aperio 스캐너를 통해 생성된 이미지인 svs이미지 내 메타데이터에는 Associated Images로 label, macro, thumbnail이 포함되어 있다.

openslide 라이브러리를 통해 associated_images의 이미지로 label을 가져와서 사용하면 깔끔하다.

2. Hamamatsu 스캐너

Hamamatsu 스캐너를 통해 생성된 이미지인 ndpi이미지 내 메타데이터에는 Associated Images로 macro만 포함되어 있다.

따라서, label 이미지를 가져오고 싶어 작업하던 중에 결국 macro 이미지의 앞부분에 label이 포함되어 있어 비율적으로 잘라서 가져와서 사용하는 방법이 최선인 것 같다.

p.s. 어딘가에 label 이미지에 해당하는 메타데이터 부분이 숨겨져 있을 수 있어 아시는 분은 댓글 달아주시면 너무 감사하겠습니다 ㅠㅡㅠ

2.1 thumbnail은 어떻게해?

associated_images에 썸네일도 없는데 어떻게해? 라고 하신다면, get_thumbnail(size)로 thumbnail을 가져와서 사용하면 됩니다!

3. References

1. openslide.org/formats/aperio
2. openslide.org/formats/hamamatsu
3. openslide.org/api/python