적혀있는대로 Xcode 패키지가 Runner 경로 상에는 있으나 해당 패키지 내용을 로컬에서 확인할 수 없다는 내용입니다.
해당 패키지의 내용을 다시 로컬에 다운로드 받아오면 됩니다. Xcode -> File -> Packages -> Reset Package Caches를 할 경우 Xcode가 모든 패키지를 자동으로 다시 설치합니다.
https://developer.apple.com/forums/thread/731302