이클립스가 파일을 "사용"하는 프로그램인 Windows Vista에서 이런 일이 발생한 적이 있습니다. 파일이 실제로 이클립스에서 열려 있지 않지만 이클립스에서 실행되는 프로세스에 의해 열렸을 수 있습니다.
이 경우 파일을 사용했을 수 있는 모든 애플리케이션에서 파일을 닫아 보세요. 그래도 문제가 해결되지 않으면 파일을 열었을 수 있는 모든 애플리케이션을 완전히 종료하세요.