ChimeraX 구조 시각화 + 비교하기

파일 업로드

pdb 또는 cif 파일을 ChimeraX 작업창에 드래그 해준다.
Files > Open 해서 pdb 또는 cif 파일을 찾아도 된다.

구조 색칠하기

가독성 있게 단백질 구조를 보기 위해 필자가 사용하는 방법일 뿐 색은 자유롭게 바꾸어도 상관없다.

전체 색은 회색으로 맞춘다.

col #A6A6A6

alpha helix를 빨간색으로 칠해준다.
Molcule Display -> Sequence -> alphahelix(노란 박스) 더블 클릭

col sel #FF0000

• 참고: 컬러 코드의 여섯자리는 RGB를 의미한다. (RRGGBB)
• 그러므로 #FF0000은 순수 R만 최대로 낸 색깔이다. (가독성 최고!)

beta sheet(파란 박스) 더블 클릭

col sel #0000FF

선택 취소

~select

결과:

구조 비교하기

비교할 pdb 파일을 open한다.

matchmaker #1 to #2

먼저 open한 파일이 #1, 방금 open한 파일이 #2(하늘색)이다.

#2의 chain A, B를 확인해보자.

select #2/B

#2의 chain A만 매칭 되었으므로 chain B를 지워보자.

delete #2/B

---

데이터 정보

• 1gnx pdb 파일
• AF3로 만든 bg_strsq_hmmerbit 구조