운영체제가 없다면, 응용 프로그램이 실행될 수 없다. 응용 프로그램은 컴퓨터를 이용해 다양한 작업을 하는 것이 목적이고, 운영체제는 응용 프로그램이 하드웨어에게 일을 시킬 수 있도록 도와준다. 하드웨어를 구성하는 일을 하는 CPU, 자료를 저장하는 RAM, 디스크 등의 시스템 자원을 관리하는 주체가 바로 운영체제이다.
모든 응용 프로그램이 시스템의 자원을 마음대로 사용한다면, 해커에 의한 공격에 무방비한 상태가 된다. 악의적인 목적을 가진 프로그램이 디스크의 모든 민감한 정보에 접근하거나, 내 스마트폰의 특정 앱이 카메라를 아무 때나 실행해서 촬영한다고 생각하면 끔찍하다. 이 때문에, 응용 프로그램은 권한에 대한 관리가 필요하고, 또한 여러 사람이 하나의 기기를 사용하는 경우에는 사용자를 관리하는 일도 매우 중요하다.
응용 프로그램이 운영체제를 통해 컴퓨터에게 일을 시키려면, 컴퓨터를 조작할 수 있는 권한을 운영체제로부터 부여받아야 한다. 권한을 부여받고 난 후에는, 운영체제가 제공하는 기능을 이용할 수 있는데, 응용 프로그램이 운영체제와 소통하기 위해서는 운영체제가 응용 프로그램을 위해 인터페이스(API)를 제공해야 한다.
이렇게 응용 프로그램이 시스템 자원을 사용할 수 있도록, 운영체제 차원에서 다양한 함수를 제공하는 것을 시스템 콜(System call)이라고 부른다.
스마트폰으로 어떤 어플리케이션을 설치하면 사용자에게 디바이스(카메라, 오디오, 마이크 등)의 사용을 허락받는 화면을 본 적이 있을텐데 이와 마찬가지로, 응용 프로그램 역시 운영체제가 사용을 허가해 주지 않는다면 사용할 수 없다. 예를 들어 워드프로세서 프로그램이 프린터를 사용해서 인쇄하기 위해서는, 워드프로세서 프로그램은 운영체제로부터 프린터 사용에 대한 권한을 부여받아야 하는 것이다.
응용 프로그램이 프린터 사용에 대한 권한을 획득한 후에는, 프린터를 사용할 때 필요한 API를 호출해야 하는데, 이 API는 시스템 콜로 이루어져 있다.