프로젝트를 만들면서 디렉토리 내부에 있는 파일들을 다른 폴더로 옮기거나 폴더를 합칠 때 종종 .gitignore에서 지정했던 파일이 igonore되지 않아 ignore처리된 파일이 자꾸 changes에 나올때가 종종 있습니다.
이는 이때 git의 캐시에 등록된 루트가 새로운 루트가 아닌 이전 루트로 지정되어 있어서 그런건데 아래 명령어로 기존 캐시 내용을 삭제후 다시 git add . 해서 커밋하시면 됩니다.
git rm -r --cached .
git add .
git commit -m "fixed untracked files"
참조 : stack overflow : Why doesn't Git ignore my specified file?