# ATAC-seq

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230316 Bioinfo Study-2 (Mark duplicate, Peak calling)

1. Mark duplicate란? library prep과정에서 DNA조각이 여러번 복제되는 PCR 중복이 일어남. 이렇게 중복된 read는 특정 클러스터에 많이 나타나는 것으로 인식하게 되어 해당 부위의 유전자의 열림 정도를 과대해석하게 함. 따라서, 기술적으로 이

ATAC-seqbioinformatics생물정보학
2023년 3월 16일
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230316 Bioinfo Study-1 (Genome alignment, Sorting)

① auto 작업을 위한 Bowtie alignment script 확인하기\--threads 4 : 쓰레드 4개 사용 \--local : local read assignment (지역 매칭) \--maxins 2000 : read1과 read2 사이의 genome이

ATAC-seqbioinformatics생물정보학
2023년 3월 16일
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230309 Bioinfo Study-1 (adapter trimming-cutadapt)

1. Adapter란? (https://knowledge.illumina.com/library-preparation/general/library-preparation-general-reference_material-list/000003874) Sequenci

ATAC-seqbioinformatics생물정보학
2023년 3월 10일
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