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230319 Conda 가상환경 만들기

Study를 시작할 때, conda 가상환경을 만드는 게 좋다고 교수님이 말씀해주셨지만 그 때는 뭐가 뭔지 모르던 시절이라 그냥 넘어갔었다. 그런데, Samtools 명령어를 사용할 때마다 자꾸 아래와 같은 오류 메세지가 떴었다. 그래서 친절한 ChatGPT에게 물어보

2023년 3월 19일
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230316 Bioinfo Study-3 (bigwig변환 및 BAM파일 brower에서 보기)

1.UCSC Genome browser https://genome.ucsc.edu/index.html 우리가 처리한 data가 reference genome에서 어느 위치에 있는지 어떤 역할을 하는 지 쉽게 보기 위해서 UCSC genome browser를 이용한다

2023년 3월 19일
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230316 Bioinfo Study-2 (Mark duplicate, Peak calling)

1. Mark duplicate란? library prep과정에서 DNA조각이 여러번 복제되는 PCR 중복이 일어남. 이렇게 중복된 read는 특정 클러스터에 많이 나타나는 것으로 인식하게 되어 해당 부위의 유전자의 열림 정도를 과대해석하게 함. 따라서, 기술적으로 이

2023년 3월 16일
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230316 Bioinfo Study-1 (Genome alignment, Sorting)

① auto 작업을 위한 Bowtie alignment script 확인하기\--threads 4 : 쓰레드 4개 사용 \--local : local read assignment (지역 매칭) \--maxins 2000 : read1과 read2 사이의 genome이

2023년 3월 16일
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230309 Bioinfo Study-1 (adapter trimming-cutadapt)

1. Adapter란? (https://knowledge.illumina.com/library-preparation/general/library-preparation-general-reference_material-list/000003874) Sequenci

2023년 3월 10일
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230302 Bioinfo study-3 (Linux 명령어)

기본적인 Linux 명령어 리눅스는 터미널을 통해 명령어를 입력하여 작업을 수행. 1. ls : 현재 디렉토리에 있는 파일과 디렉토리 나열 2. pwd : 현재 디렉토리의 경로 보여주기 3. cd : 디렉토리 이동 4. mkdir : 디렉토리 생성 5. cp

2023년 3월 3일
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230302 Bioinfor study-2 (Data accession, Package 설치)

1. Data accession Array express https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies : E-MTAB 형식으로 표시됨 (ex.E-MTAB-8194) ① view table 클릭 ② 필요한 데이터의

2023년 3월 3일
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230302 Bioinfo study-1 (Data processing, Data format)

1. Data processing ① ATAC-seq Adapter trimming (cutadapt) > Sequencing을 하기 위해서는 adapter가 필요함. 하지만, sequencing이후 assembly과정에서는 adapter가 없는 순수한 DNA se

2023년 3월 3일
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