띄어쓰기, 개행 무시하는 옵션

diff -b -w -E output1 output2

특정 문자 무시하는 옵션

이 경우는 '.'을 무시하고 비교함

diff -b -w -E <(grep -vE '^\s*(.)' output1)  <(grep -vE '^\s*(.)' output2)

출처

https://unix.stackexchange.com/questions/17040/how-to-diff-files-ignoring-comments-lines-starting-with