DTI 공부를 본격적으로 하기에 앞서 Database에 익숙해지기 위해
하나의 TARGET을 정하고 여러 DB 사이트를 탐험해보았다.
0. VEGFR
내가 처음으로 정한 타겟은 Malignant tumor의 특성 중 Angiogenesis를 유발하는 VEGF 수용체인 'VEGFR' 이다. 그 중 대표적인 VEGFR2를 조사했다.
1. RCSB Protein Data Bank
https://www.rcsb.org/
이 단백질을 검색하면 다음과 같은 텝을 통해 여러가지 정보를 얻을 수 있다.
- summary : 기본적인 정보 요약
- 3D view : 단백질 구조를 시각화 하여 보여줌
- Annotation : Domain/Protein Family/Gene Product Annotaion 등 분류를 명시해놓음
- Experiment : X-ray Diffraction 실험 결과 명시
- Sequence :
- Genome : 단백질 관련 염색체 위치 정보를 확인할 수 있다.
- Ligands : Receptor 와 결합된 리간드 정보를 확인할 수 있다. 추가적으로 다른 Receptor와 결합정도를 비교한 표도 볼 수 있다.
- Versions : 수정사항을 확인할 수 있다.
이 사이트에서는 특징적으로 단백질 정보를 담은 PDB 포맷의 파일을 다운받을 수 있다. 찾아보니 이 파일을 통해서 필요한 정보를 쉽게 파싱해서 사용할 수 있는 것 같다. 파일 내에는 txt형태로 단백질 서열부터 시작하여 원자위치정보, 리간드 정보 및 단백질-리간드 결합 정보도 확인할 수 있다.
RCSB Protein Data Bank --> Structure Summary --> Small Molecules --> Binding Affinity Annotation 을 보면 바로 관련 단백질을 다른 사이트에서 정보를 확인할 수 있게 되어있었다.
2. BindingDB
https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
이 사이트에서는 단백질과 리간드 사이에 결합에 대한 정보를 자세하게 제공한다.
결합에 대한 물리화학적 정보로는
IC50,EC50,Ki,Kd,Kon,Koff,pH,TEMP,kcal/mole 이 있다.
RCSB Protein Data Bank 에서의 '4ASD'는 VEGFR과 저해제 역할을 하는 약물인 Sorafenib이 결합한 정보를 제공한다. BindingDB에서도 위 두 분자가 결합한 정보를 확인할 수 있었다.
3. PDBbind
이 사이트에서도 단백질과 리간드 간의 결합정보를 제공하고 있고, BindingDB보다 보기 더 수월한 것 같다. 뿐만 아니라 내가 검색한 단백질과 리간드 결합 이외에 비슷한 결합을 하는 다른 정보도 추가적으로 제공하고 있어 활용하기 좋을 것 같다.
4. DrugBank
https://go.drugbank.com/
VEGFR 에 저해제 역할을 하는 'Sorafenib'은 암세포가 혈관신생을 하지 못하게 하는 약물 중 하나이기에 DrugBank 에 검색을 해보았다.
약물에 대한 정보가 정말정말 자세하게 나와있다.
- Identification - 약물에 대한 기본정보 요약
- Pharmacology - 이 약물의 Mechanism 및 ADMET 등 다양한 정보확인 가능
- Interacitons - 다른 약물 또는 음식 과 같이 먹었을 때 작용
- Products - 시중에 판매되는 정보
- Categories - ATC codes, Drug Categories, Chemical Taxonomy, Affected organisms
- Chemical Identifier - UNII, CAS number,InChI,IUPAC Name,SMILES
- References-문헌 및 타사이트
- Clinical Trials - 임상 시험 정보
- Pharmacoeconomics - 판매약 가격 및 특허정보
- Properties - water solubility, Log P 등 정보 실험값 및 예측값, ADMET예측값
- Spectra - LC MS-MS 등 스펙트럼 정보
- Targets - 여러가지 타겟 단백질 정보
- Enzymes - 위 약물이 기질로 작용하는 효소 정보
- Transporters - Transporter 역할하는 단백질 정보
